Ένα οικολογικό έγκλημα, για το οποίο δεν υπάρχει μέχρι σήμερα καμία ουσιαστική παρέμβαση, συντελείται στην περιοχή του Καρτερού, με οδυνηρές συνέπειες για τον υγρότοπο. Όπως αναφέρει το creteplus, ένας σπάνιας ομορφιάς και σπουδαιότητας υγρότοπος, έχει γίνει έρμαιο των επιτήδειων που συνεχίζουν να αυθαιρετούν και να πράττουν ενεξέλεγκτα σε βάρος του.μ Μια επίσκεψη στην περιοχή, αρκεί για να διαπιστώσει κανείς, ότι ο υγρότοπος «πνίγεται» από τα σκουπίδια, τις παράνομες εκχερσώσεις και τις αυθαίρετες κατασκευές.
Το έγκλημα αυτό συντελείται λίγα χιλιόμετρα έξω από το Ηράκλειο, σε ένα σημείο το οποίο θα μπορούσε να αποτελεί έναν χώρο αναψυχής για τους πολίτες. Και όμως σήμερα η εικόνα του είναι το λιγότερο απαράδεκτη σε όλη την παραθαλάσσια έκταση του, και όχι μόνο. Και όλα αυτά τη στιγμή που ο υγρότοπος αυτός και συγκεκριμένα το δίκτυο των υγροτόπων που τον αποτελούν, συνιστούν κάτι το μοναδικό. Παράλληλα όμως ο υγρότοπος έχει τεράστια αντιπλημμυρική σημασία καθώς εκφορτίζει τα νερά, αν και σήμερα λόγω των σκουπιδιών και των αυθαίρετων κατασκευών και δρόμων κάτι τέτοιο είναι σχεδόν αδύνατο. Σύμφωνα με την «Πατρίς» για την περιοχή υπάρχει οριοθέτηση της παραλίας-αιγιαλού (ΦΕΚ 143_Δ_ 19.6.1972).
«Ο ρύακας Καρτερού δεν έχει οριοθετηθεί αλλά το ΓΠΣ προβλέπει ότι μέχρι την οριοθέτηση του, υπάρχει ζώνη προστασίας 75 μ. και 50 μ. αντίστοιχα από τη φυσική όχθη τους. Το ΓΠΣ εγκρίθηκε το 2009 (ΦΕΚ 122/ΑΑΠ/23-03-2009) και σύμφωνα με αυτό όλη η παράκτια ζώνη είναι Περιοχή Ειδικής Προστασίας, η δε εφαρμογή του είναι ευθύνη της πολεοδομίας Δήμου Ηρακλείου. Τέλος, η εκβολή Καρτερού προστατεύεται από τις 19.06.2012 με το ΠΔ για την προστασία των μικρών νησιωτικών υγρότοπων (Κωδικός υγρότοπου: Υ431ΚΚΙ107, ΦΕΚ ΑΑΠ 229/19- 06-2012)».Παρά το γεγονός ότι πρόκειται για προστατευόμενη έκταση, έκθεση του WWF Ελλάς που συνέταξε μετά από ελέγχους που πραγματοποίησε διαπίστωσε στον υγρότοπο του ρύακα και εκβολής Καρτερού: ρύπανση, εκχερσώσεις και καταστροφή αλμυρόβαλτων, κίνηση τροχοφόρων και στάθμευση στην αμμώδη παραλία και τους αλμυρόβαλτους, δόμηση, τσιμεντόστρωση του παραλιακού δρόμου κ.α», αναφέρεται χαρακτηριστικά